ゲーム会社「マキナビジョン」の社長、ジョニー・マキシマが、仮面ライダー風魔と忍者プレイヤーたちを使って、新たなバグスターウィルスを撒き散らした! 「マキナビジョン」の幹部・南雲影成がゲームプレイヤーに選んだのは難病で余命いくばくもない少女・まどか。新型ウィルスに感染した人々はみな 昏睡状態に陥り、仮想現実の世界で、現実とは異なる時間を過ごしていた。鏡飛彩や花家大我、さらにはバグスターであるポッピーまでが感染する中、まどかは仮想現実の世界で、元気に駆けまわる。「マキナビジョン」の目論見通りの結果が、そこに表れていた。永夢は黎斗やパラドの協力を得ながら、現実世界で患者たちの意識を取り戻させるべく、仮想現実の世界へ飛び込む。そこには貴利矢の姿もあった。「マキナビジョン」がまどかをプレイヤーに選んだ理由と真の目的は何か。やがてエグゼイドたち仮面ライダーの前に出現する、最強にして最後の敵。果たして永夢は、そして若き医師たちは、究極のゲームをクリアし、患者たちの運命を変えることができるのだろうか?

游戏公司“玛奇导航”的社长约翰尼·玛奇岛，使用假面骑士风魔和忍者玩家们，撒下了新的臭虫病毒马基纳吉”的干部南云影成选择了游戏玩家，是一个因为难治之症余生不久的少女小圆。感染了新型病毒的人们都陷入了昏迷状态，在假想现实的世界里，度过了与现实不同的时间。在镜飞彩、花家大我、甚至是臭虫星Popy都被感染的情况下，小圆在假想现实的世界里，精神饱满地奔跑着马基纳吉”的目的所见的结果，在那里表现出来了。永梦在得到黎斗和帕拉多的协助下，为了在现实世界恢复患者们的意识，跳进了虚拟现实的世界。在那里也有贵利矢的身影玛奇导航”选择小圆作为玩家的理由和真正的目的是什么。不久，艾格泽德等人出现在假面骑士面前，是最强的最后的敌人。到底永梦能不能让年轻的医生们通过终极游戏改变患者的命运呢？

游戏公司“玛奇导航”的社长约翰尼·玛奇岛，使用假面骑士风魔和忍者玩家们，撒下了新的臭虫病毒马基纳吉”的干部南云影成选择了游戏玩家，是一个因为难治之症余生不久的少女小圆。感染了新型病毒的人们都陷入了昏迷状态，在假想现实的世界里，度过了与现实不同的时间。在镜飞彩、花家大我、甚至是臭虫星Popy都被感染的情况下，小圆在假想现实的世界里，精神饱满地奔跑着马基纳吉”的目的所见的结果，在那里表现出来了。永梦在得到黎斗和帕拉多的协助下，为了在现实世界恢复患者们的意识，跳进了虚拟现实的世界。在那里也有贵利矢的身影玛奇导航”选择小圆作为玩家的理由和真正的目的是什么。不久，艾格泽德等人出现在假面骑士面前，是最强的最后的敌人。到底永梦能不能让年轻的医生们通过终极游戏改变患者的命运呢？

2016年，由于开始侵蚀世界的怪人“BugStar”=未知的电脑游戏病毒侵蚀开始。为了救助感染者，决定与BugStar战斗的天才玩家宝生永梦变身为假面骑士Ex-Aid。

2016年，一种名为“BugStar”的怪人开始侵蚀世界，它实际上是一种未知的电脑游戏病毒。为了救助被该病毒感染的人，天才玩家宝生永梦决定与“BugStar”展开战斗，并变身为假面骑士Ex - Aid。

故事以TV版为基础，战斗所剩下的骑士只有六人：城户真司、秋山莲、北冈秀一，浅仓威，雾岛美穗和一位神秘骑士。雾岛美穗成为假面骑士骑士的目的是要杀死浅仓为姐姐报仇，并让姐姐复活。 为了报仇的美穗不理真司的阻止，仍多次与浅仓战斗，却反而令自己陷入危机，当浅仓向美穗下毒手时，龙牙突然出现解救美穗，并以强大的力量将王蛇压倒 ，令美穗成功杀死浅仓。 由于美穗以为是真司救了她，便相约他出来吃东西希望报答他，而真司和美穗的感情亦得以发展，可惜这个美好时刻却被邪恶的假面骑士龙牙破坏。镜中世界的真司假冒真正的真司袭击美穗，美穗与龙牙战斗但处于下风，虽然美穗被真司所救，但最后因伤重而死…

故事以TV版为基础，战斗所剩下的骑士只有六人：城户真司、秋山莲、北冈秀一，浅仓威，雾岛美穗和一位神秘骑士。雾岛美穗成为假面骑士骑士的目的是要杀死浅仓为姐姐报仇，并让姐姐复活。 为了报仇的美穗不理真司的阻止，仍多次与浅仓战斗，却反而令自己陷入危机，当浅仓向美穗下毒手时，龙牙突然出现解救美穗，并以强大的力量将王蛇压倒 ，令美穗成功杀死浅仓。 由于美穗以为是真司救了她，便相约他出来吃东西希望报答他，而真司和美穗的感情亦得以发展，可惜这个美好时刻却被邪恶的假面骑士龙牙破坏。镜中世界的真司假冒真正的真司袭击美穗，美穗与龙牙战斗但处于下风，虽然美穗被真司所救，但最后因伤重而死…